Coronavirus – Une étude pour comprendre pourquoi un variant s’impose

Le coronavirus mute. Mais comment savoir quel variant a le plus de chances de s’imposer? Une équipe internationale a tenté de trouver des réponses en mettant directement en compétition deux des premiers variants, Alpha et Bêta, avec leur virus initial. Cette approche a été efficace puisqu’on a ainsi pu mieux comprendre pourquoi Alpha s’était davantage imposé que Bêta. Ce qui pourrait donc être riche en enseignement pour mieux étudier Delta, Omicron et de possibles futures mutations du virus.

La particularité de cette étude, conduite par l’Institut de virologie et d’immunologie (IVI) bernois et l’Université de Berne, en collaboration avec l’Institut Friedrich-Loeffler en Allemagne, est d’avoir mis ces variants en compétition directe dans différents modèles, communique l’IVI. «Pris séparément, chacun des variants apparaît aussi efficace à se propager et à se transmettre que leur progéniteur, soit le virus initial: il est difficile de les départager, explique Charaf Benarafa, auteur de l’étude. En recréant les conditions naturelles de compétition, c’est-à-dire lorsqu’un variant émergent et son progéniteur sont simultanément présents, il devient alors possible de déceler véritablement quel variant va préférentiellement se propager et se transmettre».

Cette compétition entre Alpha, Bêta et le virus d’origine a été réalisée à la fois in vivo sur des animaux et in vitro. «Cette analyse combinée nous a finalement permis de mieux discerner les variants. Cela nous a montré que le variant Alpha domine et se propage mieux dans les voies respiratoires supérieures et se transmet plus efficacement. Tous les modèles indiquent aussi que le variant Bêta est le grand perdant»

Et c’est bien ce qui s’est produit dans le monde. Le variant Alpha s’est en effet beaucoup plus répandu que Bêta, qui n’a été notamment que peu présent en Suisse où il n’est d’ailleurs plus considéré comme préoccupant depuis août 2021. Tandis qu’Alpha a été celui qui a le plus circulé dans notre pays entre février et juin 2021, avant d’être supplanté par Delta.

Alpha s’est donc répandu globalement, avec un haut potentiel de transmission, et cela grâce à ses mutations dans la protéine spike. Tandis que les endroits où Bêta s’est développé, c’est parce qu’il y a rencontré des circonstances épidémiologiques favorables, pas à cause de ses potentialités propres.

Prédire quel variant va mieux se propager et pourquoi n’est pas encore possible et continue d’être un défi. Seules des études approfondies permettent de mieux comprendre les facteurs associés à leur propagation. Selon Charaf Benarafa: «C’est grâce à une combinaison de différents modèles in vitro et in vivo que nous avons pu consolider nos résultats pour expliquer la domination du variant Alpha» dans des populations qui n’avaient pas été immunisées. «Maintenant qu’une proportion importante de la population est vaccinée, nous devrons aussi envisager l’impact de l’immunité sur l’avantage des nouveaux mutants émergents». Tel variant pourrait en effet se montrer plus résistant aux vaccins qu’un autre. Selon les chercheurs, dont l’étude est parue dans «Nature», leur approche est applicable à la comparaison de nouveaux variants tels que Delta et Omicron.